商学院是学校办学历史最悠久、师资力量最强、办学规模最大的学院之一，前身是云南财贸学院商业经济系。1979年建系之初便开始招收商业经济专业大专学生。1982年正式招收第一届本科生。1994年4月组建工商管理学院。2003年7月，学校成立公共管理学院和商学院，市场营销专业划归商学院，其余专业保留在工商管理学院。2007年3月，学校成立MBA教育学院。2013年，由原商学院部分、工商管理学院和MBA学院组建成立新商学院。

本科专业设置：1993年正式设置市场营销本科专业。1999年，首次以工商管理专业名称招生，并开设人力资源管理专业。2010年，新开设管理科学本科专业并招生。2000年，原统计与信息学院开设管理信息系统（电子商务）专业。2017年，获批互联网金融专业。截至2021年6月，学院有管理科学、工商管理、人力资源管理、市场营销、电子商务、互联网金融6个本科专业。2019年，市场营销专业、工商管理专业、电子商务专业进入年国家级一流本科专业建设点名单。2020年，人力资源管理专业、管理科学专业进入云南省一流本科专业建设点名单。

硕士研究生专业设置：1999年，获批企业管理硕士学位授予权。2005年，设置市场营销硕士专业（以前为企业管理硕士研究生专业下设置市场营销方向）。2006年，获批技术经济与管理硕士学位授予权并于2007年招生。2007年5月，设立工商管理（MBA）专业硕士点。2011年7月，获批电子商务硕士点。至2021年，学院拥有企业管理、技术经济及管理、电子商务、市场营销4个学术型硕士学位授予点和MBA专业学位点。

博士研究生专业设置：2013年9月，获工商管理一级学科博士学位授予权。2018年，工商管理一级学科在全国第四轮学科评估中，评估结果为B。