医政学院得名于南京医科大学的前身“江苏省立医政学院”。1934年建校时即设有卫生行政管理科、卫生教育科及医科专业，卫生行政管理科招收专科起点学历毕业生，学制一年，培养医官和医学管理人才。学校首招新生16名。因此，学校是我国最早开展卫生事业管理教育的高等院校。

1997年，当时的社科部与公共卫生系联合招收卫生事业管理专业五年制本科生。2000年，成立公共事业管理系。2002年7月，在社科部与公共事业管理系的基础上组建医政学院。2010年卫生管理获批江苏省特色专业。2011年公共管理学科成为江苏省内医药院校唯一的公共管理一级学科硕士学位授权点，2014年成功申报公共管理硕士（MPA）专业学位授权点，2014年申报自主设置交叉学科人文医学博士学位授权点并获批准，2016年申报自主设置交叉学科健康政策与管理博士学位授权点并获批准。学院现拥有公共管理学系、医药经济与管理学系、南京医科大学卫生政策研究中心、人口健康与发展研究中心、医院管理研究所、卫生管理培训中心。江苏省重点培育智库“健康江苏研究院”挂靠在医政学院，这也是江苏省在卫生与健康领域唯一智库。江苏省新型农村合作医疗指导中心也挂靠在学院。学院现有专兼职教授（研究员）15名、副教授（副研究员）19名。