系统工程学院由1979年钱学森同志亲自指导成立的原系统工程与数学系发展而来，学院机关设教学科研处、政治工作处，下设管理科学与工程系、作战运筹与规划系、军事建模与仿真系、C4ISR技术国防科技重点实验室和学员大队。主要承担作战运筹与任务规划、仿真工程、作战目标工程等学科专业人才和专业相关联合作战保障人才培养，以及相关专业军官、文职人员培训、全军作战数据工程、联合作战规划系统、全军模拟仿真体系建设等研究，所属人员思想政治工作、日常教育管理等任务。

学院拥有一支科研整体水平高、集体攻关能力强、结构合理的师资队伍。现有教师175人，其中正高职教员46名，副高职教员62名；博士生导师48名（含13名国内外知名学者兼职教授），另有国际知名学者特聘教授1名，硕士生导师55名。教师队伍中具有博士学位的159名，占90.9%。

“十二五”以来，学院学科建设取得显著成绩。具有管理科学与工程、控制科学与工程、军队指挥学、军事装备学等4个一级学科及博士学位授予点，管理科学与工程、控制科学与工程、军队指挥学等3个博士后科研流动站，以及公共管理（MPA）、项目管理领域工程硕士2个专业学位授权点。其中，管理科学与工程、控制科学与工程为国家重点学科，军队指挥学为湖南省重点学科。管理科学与工程入选国家“双一流”建设学科，并在2017年第四轮全国一级学科评估中获得A+。拥有“系统工程与管理”系列课程、“指挥信息系统”专业课程2个国家级教学团队，“指挥控制组织设计与优化技术”教育部科技创新团队。建有“985工程”联合指挥控制系统技术科技创新平台、装备体系工程管理哲学社会科学创新基地。主要围绕战争设计、作战实验、信息保障研究领域，面向我军指挥体系、管理体系、作战力量体系、训练体系等开展基础理论方法研究、关键技术攻关、公共平台研制和系统集成，突出解决制约军队信息化建设和武器装备发展的关键问题。学生学位论文共获得全国百优博士学位论文1篇、提名1篇，军优博士学位论文9篇，省优博士学位论文10篇，校优秀博士学位论文28篇，并与国内外许多知名大学和研究机构建立了长期学术交流关系，先后有200多人次赴国（境）外攻读学位、访问交流和合作研究。2011年以来，承担各类科研项目460多项。获得国家科技进步二等奖5项，军队、省部级一等奖5项，二等奖12项，三等奖7项。