1919年南开大学建校之时，便以“文以治国、理以强国、商以富国”为办学理念，设立文、理、商等学科，并于1929年正式成立商学院。改革开放之后，南开大学率先恢复和发展管理学科。1980年，管理学系恢复重建。1994年成立南开大学国际商学院。2005年复名南开大学商学院。

经过30余年发展壮大，学院现拥有工商管理、管理科学与工程、图书档案与情报三个一级学科，设有企业管理系、会计学系、财务管理系、人力资源管理系、市场营销系、管理科学与工程系、信息资源管理系、现代管理研究所等教学与科研机构8个。学院现有博士点8个，硕士点10个以及工商管理硕士（MBA）、会计硕士（MPAcc）、工程管理硕士（MEM）和图书情报硕士（MLIS）4个专业学位硕士点，本科专业12个，博士后科研流动站3个。2017年，工商管理一级学科在全国第四轮学科评估中获评为A等。在2020年软科中国最好学科排名中，南开大学工商管理学科跻身全国前2%。