福建农林大学工商管理学科始建于1992年，2003年获得企业管理硕士学位授予权，2006年获得旅游管理硕士学位授予权，2009年获得工商管理专业硕士（MBA）学位授予权，2011年获得工商管理一级学科硕士学位授予权，2016年获得会计专业硕士（MPAcc）学位授予权。
工商管理学科于2009年被列为校级重点学科，2012年被福建省教育厅和福建省财政厅列为省级重点学科，2013年获得 “中央财政支持地方高校发展专项资金”支持。其中，旅游管理专业2010年被列为校级重点学科。
经过近30年坚持不懈的努力，我校工商管理学科成为了福建省省级重点学科，下设工商管理、会计学、人力资源管理、旅游管理和文化产业管理5个本科专业，具有企业管理、会计学、旅游管理和技术经济及管理4个学术型硕士专业，工商管理硕士（MBA）和会计专业硕士（MPAcc）2个专业硕士学位点，1个涉农企业经营与管理二级博士学位点，已形成学科专业齐全、整体实力较强、社会评价良好的总体格局。