1985年1月，南京工学院管理科学与工程系成立。1987年8月，南京工学院以管理科学与工程系、自动化研究所的系统工程研究室、社会科学系的工业经济教研组为基础，成立南京工学院管理学院。1991年9月，东南大学经济贸易系并入，学院更名为东南大学经济管理学院。东南大学商科历史可以追溯到1917年成立的南高师商业专修科。历经商科百余年、建院三十余年的发展，目前，学院已成为东南大学专业门类最多、学生规模最大的学院之一。学院秉承“创新才有未来”的理念，肩负“育胸怀天下英才，铸通达古今新知”使命，以学科建设为龙头，以人才培养为重点，聚焦重大科研方向，倾心尽力育英才，顶天立地做科研，为实现“桃李天下皆有为”的学院愿景，锐意进取、开拓创新，持续推动学科建设、人才培养、师资队伍建设、科学研究、社会服务和国际化办学等方面的高质量发展。

经济管理学院横跨经济学和管理学两大学科门类,拥有管理科学与工程、应用经济学、工商管理3个一级学科博士学位授权点；管理科学与工程、应用经济学2个一级学科博士后流动站和江苏省重点优势建设学科；建有管理科学与工程、应用经济学、工商管理3个一级学科硕士学位授权点；还有管理学类（信息管理与信息系统专业、工商管理、会计学、电子商务、物流管理）、经济学类（国际经济与贸易、金融学、经济学、金融工程）2个本科专业类。