物流工程学院由机械工程系、电气自动化系、工业工程系、中荷机电工程学院（中荷机电工程系）、产教融合中心、机械工程实验中心和电气自动化实验中心组成。 

学院现有电气工程博士后流动站，电气工程一级学科博士点，工业工程二级学科博士点，机械工程、电气工程和控制科学与工程3个一级学科硕士点，机械（机械工程）、能源动力（电气工程）和工程管理（物流工程与管理）3个工程硕士专业学位领域，以及机械设计制造及其自动化、机械电子工程（物流装备控制与安全）、电气工程及其自动化、自动化、测控技术与仪器、工业工程、物流工程、机械电子工程（中荷合作）和电气工程与智能控制（中荷合作）等9个本科专业。学院参与上海海事大学高峰学科“管理科学与工程（物流工程与管理）”——“港航物流系统智能化与绿色化”特色研究方向建设，并且参与上海高水平地方高校创新团队“管理科学与工程”——“先进物流装备管理与工程”方向重点创新团队的建设。机械设计制造及其自动化专业列入教育部“卓越工程师教育培养计划”，并且通过中国工程教育认证；物流工程、工业工程、机械设计制造及其自动化3个专业获评国家级一流本科专业建设点。