物流科学与工程研究院（原科学研究院）成立于2006年9月，于2016年9月正式更名。研究院建设立足港航、物流行业，面向社会，以高等物流研究院为研究院发展和定位目标，致力于高质量的科学研究及研究生教育；并提出了科研教学并重的结构定位，即以科研为先导、科研反哺教学，以科研来提高研究生教育质量。坚持高质量发展、坚持创新发展，重点发展物流自动化、信息化、智能化技术，服务于“一带一路”“长江经济带”“上海国际航运中心”和“自贸区新片区”建设等，将研究院发展成在物流领域国内有影响、国际知名的科研教学机构。

研究院下辖四个科研部门：物流研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、智能港口物流协同创新中心、电气自动化研究所，拥有三个省部级重点研究基地：智能港口物流交通运输行业协同创新平台、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、上海航运物流信息工程技术研究中心。