华南理工大学电子商务系包括电子商务和物流工程两个本科专业。

电子商务专业依托计算机科学、电子信息工程、经济学、管理学等优势学科而建立。2000年华南理工大学在全国率先开设“3+2”模式的复合型电子商务专业；2001年教育部批准正式设立电子商务专业；2002年开始招收本科生；2004年学校成立电子商务学院，并设电子商务工程与应用硕士学位授权点；2006年开始招收硕士研究生；2008年学校实施院系调整，电子商务学院并入经济与贸易学院，学院设立电子商务系下设电子商务专业；2010年电子商务专业成为广东省高等学校本科特色专业点；2012年与上海汉得信息技术股份有限公司合作建设的ERP实训基地被立项为广东省大学生实践教学基地；2014年电子商务专业获批成为广东省高等学校应用型人才培养示范专业；2016年与唯品会合作建设的实训基地被立项为广东省大学生实践教学基地；2019年电子商务专业成为广东省一流本科专业。

物流工程本科专业依托交通工程、机械工程、计算机科学、经济管理等优势学科而建立，并同时获管理科学与工程下设物流工程与管理硕士学位授权点，于2003年在交通学院招收了第一届物流工程专业本科、硕士以及非全日制物流工程专业学位硕士学生；2004年与电子商务专业共建电子商务学院；2005年获管理科学与工程下设物流工程与管理博士学位授权点；2008年学校院系调整，并入成立经济与贸易学院，设立物流工程系，下设物流工程专业。2010年开始招收全日制物流工程专业学位硕士；2019年教育部专业学位硕士调整，物流工程专业学位硕士并于工程管理硕士（MEM），开始招收全日制工程管理硕士（物流工程与管理方向）以及非全日制工程管理硕士（数字商务与智慧供应链方向）学生。

2020年7月，电子商务专业与物流工程专业从原经济与贸易学院拆分出来，组建成立电子商务系。