土木工程学院的前身为土木建筑工程系，成立于1958年。1998年8月，福州大学以土木建筑工程系为主成立土木建筑工程学院，2006年5月，分设建筑学院后，更名为土木工程学院。

历经63年的建设，特别是近10多年来，学院的各项事业得到了高速的发展。学院现设有：建筑工程系、道路与桥梁工程系、水利水电与港口工程系、市政工程系、交通运输工程系、工程管理系、轨道与地下工程系等7个系，有土木工程、水利水电工程、交通工程、交通运输、给排水科学与工程、工程管理、港口航道与海岸工程、智能建造8个本科专业，其中土木工程为国家级特色专业、首批教育部卓越工程师培养试点专业和福建省重点本科高校服务产业特色专业。

学院拥有土木工程一级学科博士点和博士后流动站，设有：结构工程、桥梁与隧道工程、岩土工程、市政工程、供热·供燃气·通风及空调工程和防灾减灾工程及防护工程等8个二级学科博士点；拥有土木工程、水利工程2个一级学科硕士点，设有：工程力学、岩土工程、结构工程、市政工程、供热·供燃气·通风及空调工程、防灾减灾工程及防护工程、桥梁与隧道工程、水文学及水资源、水工结构工程、港口.海岸及近海工程、水工程安全与水灾害防治、交通安全与灾害防治工程、道路交通工程与灾害防治13个二级学科硕士点以及建筑与土木工程、水利工程、工程管理3个工程硕士专业学位授权点。

学院拥有一支素质优良、年龄结构合理、学术水平较高的师资队伍。现有教职员工205名，专任教学科研人员163名，教授（研究员）40名，副教授（副研究员、高工等）76名，讲师（助研）47名，具有博士学位的教师占教学科研人员的81%，具有海外经历的教师占教学科研人员的56%。教师中国家级人才5人；教育部新世纪优秀人才支持计划1名；享受国务院特贴专家5名；福建省杰出科技人才1名；福建省优秀人才1名；福建省引才“百人计划”2人；福建省级高层次人才2人；福建省特殊支持人才“双百计划”人选5人，其中福建省科技创新领军人才2人、福建省百千万领军人才3人；闽江学者特聘教授3名，闽江学者讲座教授2名；福建省引进高层次人才“ABC”类人才9人；福建省委组织部引进生5人；福建省高校新世纪优秀人才支持计划12名；福建省高校杰出青年科研人才培育计划人选5人；旗山学者6名。学院聘有兼职教授28人，兼职副教授7人。

学院现有普通本一批学生2000余人，各类全日制博士、硕士研究生1114人。每年招收本一批全日制学生500名左右，全日制硕士生350名左右、博士生18名左右，工程硕士生50多名。建院以来，已为国家以及福建省培养了全日制博硕士研究生、本专科生以及其他层次的毕业生1.5万余人。学院拥有结构工程研究所、桥梁与隧道工程研究所、岩土工程研究所、海西可持续工程结构与多灾害防治协同创新中心、可持续与创新桥梁福建省高校工程研究中心、土木工程防震减灾信息化国家地方联合工程研究中心、先进土木工程材料研究中心等科研机构。学院现有“结构工程”国家重点(培育)学科、“土木工程新技术与防灾减灾”“211工程”国家重点学科建设项目，“可持续工程结构与防震减灾”福建省优势学科创新平台、“土木工程”福建省特色重点学科和“土木工程”、“水利工程”福建省省级重点学科。还拥有工程结构福建省高校重点实验室，土木工程多灾害防治福建省重点实验室，土木工程国家级实验教学示范中心。

学院大力开展对外合作交流，与美国加州理工大学、加拿大曼尼托巴大学、意大利罗马第三大学、意大利巴里理工大学、台湾中央大学、台湾海洋大学以及泰国素罗娜丽理工大学等多所高校开展了联合办学项目。 2016年学院成功入选国家首批“高校(地方)国际化示范学院推进计划”项目。2018年学院土木工程入选福建省“双一流”高峰学科建设学科。2019年获批“先进土木工程材料”福建省高校工程研究中心。2020年获批“福建省水利智慧监测与洪涝预警工程研究中心”；新增“智能建造”专业。

在新的历史时期，学院确立了走国际化、区域特色和一流学科建设之路的办学理念，正努力朝着建设特色鲜明的高水平国际化示范学院的目标努力奋进！