2020年，学院有水利水电工程国家重点（培育）学科，水利工程博士后流动站，水利水电工程、水文水资源自治区重点学科2个；有水利工程一级学科博士点1个，涵盖水利水电工程、水力学及河流动力学、水文学及水资源、水工结构工程等4个二级学科硕士点；新增土木工程一级学科硕士点，有土木水利工程专业学位硕士点，负责农业工程一级学科博士点下的农业水利工程二级学科博士点。新增新疆水利工程安全与水灾害防治自治区重点实验室、新疆BIM及装配式工程技术自治区研究中心、水利工程与水资源科学国家重点实验室寒旱区新疆分实验室等3个省部级科研平台，并有寒冷干旱区水文水资源与水利工程教育厅重点实验室、新疆水文水资源工程技术研究中心等科研平台。

现有水利水电工程、农业水利工程、水文水资源、工程管理、水土保持与荒漠化防治、土木工程等6个本科专业；水利水电工程获批国家一流本科建设专业，获批教育部第一批“本科教学工程”地方高校本科专业综合改革试点项目，获批自治区特色品牌专业，农业水利工程专业获批教育部第一批卓越农林人才培养计划改革试点项目和自治区第二批重点产业紧缺人才专业；与俄罗斯托木斯克大学联合培养土木建筑工程专业（3+1国际班）。