1956年6月，根据毛泽东主席关于财政部要加强财政经济问题研究的指示，财政部财政科学研究所正式成立，2016年2月更名为中国财政科学研究院（以下简称财科院）。2020年3月，成为国家高端智库建设试点单位。

财科院现有职工226人，具备高级、中级专业技术职称人员137人。2001年3月设立应用经济学博士后科研流动站，目前在站博士后28人。财科院现有内设机构27个（党建与监督机构1个、研究机构12个、研究生教育运行机构5个、智库运行机构1个、学术性刊物出版发行机构1个、职能管理机构3个、社团管理机构4个）。

1个党建与监督机构：党委（纪委内审）办公室。

12个研究机构：宏观经济研究中心、财政与国家治理研究中心、公共收入研究中心、国资管理与资本运营研究中心、金融研究中心、教科文研究中心、社会发展研究中心、资源环境和生态文明研究中心、全球风险治理研究中心、财务与会计研究中心、政府绩效研究中心、珠心算研究中心。

5个研究生教学运行机构：教务处（学位管理办公室）、学生工作处、教研中心、招生与就业办公室（就业指导中心）、图书馆（财科院数据中心）。

1个智库运行机构：科研组织处（智库建设管理办公室）。

1个学术性刊物出版发行机构：刊物编辑部。

3个职能管理机构：办公室、人事处、财务资产处。

4个社团管理机构：中国财政学会秘书处、中国珠算心算协会秘书处、中国农村财经研究会秘书处、全国预算与会计研究会秘书处。

财科院还设立了PPP研究所、北京分院、政府预算与会计研究所、数字财务研究所等科研平台机构。

多年来，财科院紧密结合不同时期经济社会发展和体制改革情况，围绕国家财政中心工作，开展财经理论和政策研究，为国家决策和国家治理建言献策，为财政政策提供智力支撑。财科院研究风格独特，实力雄厚，研究成果多方面引领学界。未来发展的战略定位是面向未来、面向国家及全球重大治理问题、面向改革与发展的国家高端智库，率先实现财政和会计领域科研、教育的跨越发展。